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全３４ステージを駆けろ！飛べ！僕らのアトム！
空中都市、地下鉄道、ロボットの体内など、地上で戦うアクションステージと、空中で戦うシューティングステージが盛りだくさんだ！
アトムの原動力、ブルーコアを狙う悪者をやっつけろ！
ストーリー
ロボットが人間と共存する夢の空中都市メトロシティ。
そこで何不自由なく幸せに暮らしていた少年は不慮の事故で命を落としてしまう。
最愛の息子をなくしたテンマ博士は、仲間のお茶の水博士が開発した新型エネルギー、ブルー・コアを使用し、自らの手で息子をロボットとして蘇らせる。
しかし、それは生身の人間とは違っていた。姿、記憶、経験などは生前のままだが、愛する息子ではなかった。
博士に疎まれ捨てられてしまった少年は、父の下を去り、生まれてはじめて地上へとやってきた。
彼はそこで、暖かい気持ちを持った旧型ロボットや、たくましい毎日を過ごしている人間たちをふれあい、アトムとして生まれ変わり、新たな道を歩み始める。
テンマ博士は気丈に振舞うも、心の中ではいつも苦悩していた。
息子を捨ててしまったことを。そんな中、アトムの原動力である、究極のエネルギー、ブルーコアをめぐり、彼を狙う者達が現れ始めた・・・。
